Il Parco archeologico di Naxos è stato istituito con D.A.n.6640 del 13.07.2007 in attuazione della L.R.20/2000 art.20 e di quanto previsto dal D.A 6263 del 2001. Al Parco è stata così attribuita autonomia scientifica e di ricerca, organizzativa, amministrativa e finanziaria. Con DPRS n. 237 del 7 agosto 2013, è stato definito il nuovo assetto organizzativo del Dipartimento BB.CC. del quale il Parco archeologico di Naxos costituisce un istituto periferico. Con nota n.50908 del 30.10.2013 di “Avvio dell’organizzazione del Dipartimento Beni Culturali discendente dal D.P.R.S.n.237 del 7 agosto 2013 in relazione alla “gestione, manutenzione e valorizzazione” al Parco Archeologico di Naxos è stata affidata la gestione del Museo Archeologico di Naxos e delle sue collezioni, del Teatro Antico di Taormina, di Villa Caronia a Taormina, del Museo naturalistico a Isolabella, e delle aree archeologiche di Taormina e Francavilla.
Con D.A.n.3091 del 20/07/2016 è stato approvato, ai sensi dell’art.20, comma 12 della legge regionale 3 novembre 2000, n.20 il “Regolamento di Organizzazione amministrativo contabile” per il funzionamento e la gestione nonché per l’autonomia amministrativa e finanziaria del Parco archeologico di Naxos Taormina. Con decreto presidenziale 27/06/19 n.12 pubblicato sulla Gazzetta Ufficiale della Regione Siciliana – parte I n. 33, vengono assegnati anche i seguenti siti: Palazzo Ciampoli, Chiesa SS. Pietro e Paolo d’Agrò, Monte Tauro e Castello Schisò.